Caso o funcionario possua jornadas noturnas e/ou em feriados, indicamos usar o Organizador de Registros com InterJornada: 

Na Folha Ponto clique na 1ª marcação do 1ºRegistro com o Botão esquerdo do mouse.

Clique em "Editar Contrato..."

Após isso, na tela de edição de contratos, selecione a opção "InterJornada" do campo "Organizador de Registros" e clique em Salvar.