Caso o funcionario possua jornadas noturnas e/ou em feriados, indicamos usar o Organizador de Registros com InterJornada: 

Na Folha Ponto clique na 1ª marcação do 1ºRegistro com o Botão esquerdo do mouse.

Clique em "Editar Contrato..."

Após isso, na tela de edição de contratos, selecione a opção "InterJornada" do campo "Organizador de Registros" e clique em Salvar.

Registros fora de posição

Em caso de registros fora do padrão, por exemplo extras que não são previstas na CLT ou jornadas que não obedecem as 11h de intervalo interjornada, o organizador de registros não moverá os mesmos para os seus lugares de destino, visto que são exceções que fogem a previsibilidade necessária ao software. 

Para move-los as suas corretas posições segure e arraste até a casinha desejada.